Il procuratore generale del Tribunale penale internazionale, la canadese Louise Arbour, ha reso noto il 27 maggio 1999 l'imputazione come criminali di guerra di Milosevic e di altri quattro leader politici: Milan Milutinovic, presidente della Repubblica Serba, Nikola Sainovic, vice primo ministro della Repubblica Federale Jugoslava, Dragoljub Ojdanic, capo di stato maggiore delle forze armate jugoslave, Vlajko Stojiljkovic, ministro degli interni della Repubblica serba.
I cinque sono penalmente responsabili per la deportazione di 740.000 kosovari albanesi e per l'uccisione di 340 kosovari albanesi non identificati. Sono accusati di crimini contro l'umanità, in particolare di omicidio, deportazioni, violazioni delle leggi e delle consuetudini di guerra
Il mandato di cattura è stato emesso in 185 paesi, membri delle Nazioni Unite e quindi compresa la Jugoslavia, e in Svizzera.
Le prove sono ricavate da materiale raccolto dai satelliti spia degli Usa.
La procuratore generale Arbour ha dichiarato: "La cosa importante è stata di riuscire a incriminare Milosevic non tanto come "vertice" della catena di comando, ma per le sue reali responsabilità per ciò che accade in Kosovo. (. .. ) Questo mandato è parte di un movimento più grande - in atto da qualche anno -che si propone di mettere fine all'impunità di quei capi di stato che hanno dirottato la sovranità del loro Paese, appropriandosene. Ciò che abbiamo fatto in molti casi, come quello di Pinochet, di questo Tribunale, di quello gemello per i massacri in Ruanda non è un'usurpazione della sovranità popolare, ma una sconfitta degli abusi dei potenti. (... )
La Comunità internazionale non vuole più la pace ad ogni costo, ma pace con giustizia. Certo, nel breve termine, è possibile che questo atto provochi un passo indietro nella mediazione, ma è un investimento per una pace migliore e più duratura, quando arriverà." ("Corriere della Sera", 29 maggio 1999).
Il rappresentante della Repubblica federale jugoslava all'Onu, Vladislav Ivanovic, ha dichiarato in merito all'incriminazione del presidente Milosevic: "Il Tribunale ha compromesso la propria indipendenza, criminalizzando il Presidente, che sta resistendo eroicamente ad un'aggressione da parte della Nato. Il Tribunale si rende così complice dell'aggressione Nato"

("la Stampa", 28 maggio 1999)